Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Selatan merupakan salah satu Organisasi Perangkat Daerah (OPD) yang ada di lingkup Pemerintah Provinsi Sulawesi Selatan yang merupakan pengembangan dari lembaga kepegawaian yang telah ada sebelumnya.
Ketika Pemerintah Provinsi Sulawesi Selatan melakukan restrukturisasi organisasi pada tahun 2000, sebagai implikasi ditetapkannya Undang-Undang RI Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, maka desain organisasi Biro Kepegawaian Sekretariat Daerah Tingkat I Provinsi Sulawesi Selatan berubah sesuai dengan ketentuan yang diatur dalam Peraturan Pemerintah RI Nomor 84 Tahun 2000 tentang pedoman Organisasi Perangkat Daerah, Keputusan RI Nomor 159 Tahun 2000 tentang Pedoman Pembentukan Badan Kepegawaian Daerah, dan Peraturan Pemerintah RI Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Provinsi sebagai Daerah Otonom.
Pada era otonomi daerah, seiring dengan tuntutan penyelenggaraan otonomi luas, terjadi perubahan kelembagaan termasuk diantaranya adalah Biro Kepegawaian yang berubah menjadi Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Selatan (berdasarkan Perda Provinsi Sulsel Nomor 29 Tahun 2001). Adapun yang menjadi Kepala Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Setan yang pertama sejak perubahan tersebut adalah Drs. Supomo Guntur. Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Selatan terletak di Jalan Jendral Urip Sumohardjo Nomor 269 Makassar sampai sekarang.
Pada tahun 2008 Pemerintah Provinsi Sulawesi Selatan merestrukturisasi kembali organisasinya sebagai implikasi ditetapkannya Undang-Undang RI Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah. Peraturan Pemerintah RI Nomor 38 Tahun 2007 tentang pembagian Urusan Pemerintahan antara Pemerintah, Pemerintah Daerah Provinsi, dan Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota, serta Peraturan Pemerintah RI Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah. Struktur organisasi tersebut dituangkan melalui Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan Nomor 9 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Lembaga Teknis Daerah, dan Lembaga Lain Provinsi Sulawesi Selatan sebagaimana telah diubah beberapakali terakhir dengan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Selatan Nomor 6 Tahun 2011.
Sejalan dengan dinamika perkembangan otonomi daerah, Pemerintah Provinsi Sulawesi Selatan merestrukturisasi kembali organisasinya sebagai implikasi ditetapkannya Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Struktur Organisasi yang baru dituangkan melalui Peraturan Gubernur Sulawesi Selatan Nomor 100 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Selatan.
Adapun selama terbentuknya Biro Personalia menjasi Biro Kepegawaian sampai berubah menjadi Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Sulawesi Selatan telah berganti beberapa pimpinan yaitu :
I. Kepala Biro Personalia
1) Abd. Salam Wahab, LC (1969-1975)
2) Abd. Rauf Hasan, LC (1975)
3) A. Tampubolon (1975-1976)
II. Kepala Biro Kepegawaian dan Diklat
1) Abdurrazak Haruna, SH (1978-1980)
2) A. Arifuddin Mattotorang, SH (1980-1983)
III. Kepala Biro Kepegawaian
1) A. Panawan, BA (1983-1984)
2) A. Abdullah Saiby (1984-1985)
3) H. Mirdin Kasim, SH (1987)
4) H. Syamsul Ridjal, SH (1987-1989)
5) Drs. Smit Pabola (1989-1990)
6) H. Syamsul Ridjal, SH (1990-1991)
7) Drs. H. Jenie A. Tanjong (1992-1996)
8) Drs. H. Mappigau Samma (1996-1998)
9) Drs. Supomo Guntur (1998-2001)
IV. Kepala Badan Kepegawaian Daerah Prov Sulsel
1) Drs. Supomo Guntur (2001-2002)
2) Drs. H. Muh. Arsyad Kale, M.Si (2002-2004)
3) Drs. H. Tadjuddin Noer, MM (2004-2005)
4) Drs. H. Tandeng Tugi, M.Si (2005-2007)
5) Dra. Hj. Andi Murni Amien Situru, M.Si (2007-2012)
6) Drs. H. Tautoto T.R., M.Si (2012-2013)
7) H. Mustari Soba, SH, M.Si (2013-2015)
8) Ir. H. Muhammad Tamzil, MP (2015-2017)
9) Dr. H. Ashari Fakhsirie Radjamilo, M.Si (2017-2019)
10) Drs. H. Asri Sahrun Said (2019 - 2020)
11) Ir. H. Imran Jausi, M.Pd (2020 - 2023)
12) Dra. Hj. Sukarniaty Kondolele, M.M. ( 2023 - sekarang